«Боюсь болезней. Поначалу ты боишься болезней, поскольку это неприятно», — объяснил он. С возрастом, по мнению актера, люди начинают опасаться болезней, так как их проблемы со здоровьем доставляют неудобство окружающим. «Мне кажется, это логично», — заключил он.

Первой женой Хабенского была журналистка Анастасия Смирнова. В 2007-м у пары родился сын, а в декабре 2008 года жена актера умерла после борьбы с опухолью мозга. Ей было 33 года.

В 2013 году Хабенский женился на актрисе Ольге Литвиновой, у них двое детей. Актер рассказал, что для него очень важно, чтобы дети одобряли его работу и гордились им.