Все основные политические процессы того времени, запущенные для устранения противников Иосифа Сталина, были инициативой самого Ягоды. Именно при нём была отработана схема подтасовки фактов, дознания и фабриковки дел, которая и погубит первого главу НКВД. За два года пребывания на посту он успел провести несколько реформ.

Если Ягода хотел отойти от системы фабриковки политических дел и от подтасовки фактов, то Николай Ежов — новый любимец Сталина был настоящей "карательной машиной", он никогда не обсуждал приказы свыше, был инициативен и беспощаден к подсудимым. В 1936 году Ягоду сняли с поста, в 1937-м исключили из партии, затем арестовали. Ягоде инкриминировались антигосударственная деятельность, шпионаж и причастность к троцкистско-фашистскому заговору. Обыск, проведённый в его квартире, показал, что Ягода не только купался в роскоши, но и имел пикантное хобби.

Предположение о причастности Генриха Ягоды к троцкистско-фашистскому заговору (плод бурной фантазии Николая Ежова) было высмеяно самим Троцким, к тому времени благополучно покинувшим СССР. Чекист стал жертвой машины, которую сам запустил. Впоследствии, когда его будут сопоставлять с Ежовым и Берией, окажется, что он был по сравнению с ними вполне "человечным".