По официальной версии, Яков умер вечером 14 апреля 1943 года. Он якобы выпрыгнул из окна барака № 3 особого лагеря «А» при концентрационном лагере Заксенхаузен и с криком: «Унтер-офицер, пристрели меня!» — бросился на проволоку. По другой версии, он не выполнил приказ зайти в барак и направился через нейтральную тропу к проволоке. После окрика часового Яков закричал: «Стреляй!». Когда беглец схватился за проволоку, часовой открыл огонь.

Внук Якова Джугашвили Селим Бенсаад уверен: его дед вовсе не попадал в плен, достойно сражался, встретил смерть на поле боя с оружием в руках, а обстоятельства его гибели - плод немецкой пропаганды. - Я не мог смириться с тем, что деда выставили предателем, - говорит Бенсаад. – Сначала я сам пытался доискаться правды, но это было сложно по ряду причин, к тому же я очень больной человек. К счастью, судьбы свела меня с исследователем исторических событий Ланой Паршиной.

По совету эксперта Селим Бенсаад в своих попытках отстоять честь предка вместе со своей помощницей, начинающей журналисткой Марией Меркиной посетил архивы ФСБ, побывал в Российском государственном военном архиве и отправил в контрразведывательное ведомство запрос на получение информации. Одним из аргументов в пользу своей версии Селим называет то, что жену Якова - балерину Юлию Мельцер – отпустили после разбирательства в НКВД, когда Яков пропал на фронте.