Путин также подписал указ о создании попечительского совета, который возглавит Васильева. Российская академия образования — организация, которая объединяет ученых, работающих в сфере образования и педагогики. С 2018 года президентом академии является доктор психологических наук, профессор Юрий Зинченко.

Васильева была министром просвещения в правительстве Дмитрия Медведева с мая 2018 года по январь 2020 года. 15 января правительство Медведева в полном составе ушло в отставку, часть министров и вице-премьеров перешли в кабмин Михаила Мишустина, но Васильева в него не попала. Новым министром просвещения назначили Сергея Кравцова, который ранее возглавлял Рособрнадзор.

На посту министра просвещения Васильева запомнилась, в частности, введением научных степеней по теологии, а также возвращением в школьную программу предмета «Астрономия».