Учитывая профессиональные заслуги Елены Батуриной, эта женщина умеет первоклассно договариваться и решать сложные ситуации в бизнесе. Однако в делах семейных у вдовы Лужкова все не так гладко. Чего только стоят ее отношения с родным братом Виктором Батуриным. В середине нулевых между родственниками возник серьезный конфликт из-за компании «Интеко», которую основала бизневумен. Виктор Николаевич уверял, что благодаря стараниям сестры незаконно лишился поста вице-президента «Интеко», а также внушительного пакета акций предприятия. У Елены Батуриной была иная позиция — брат сам уволился, когда она уличила его в недобросовестном видении бизнеса. «В 2005 году я очень серьезно заболела. Лечение продолжалось примерно шесть месяцев. Во время моего отсутствия мой брат все больше включался в дела компании. Когда осенью я вернулась в компанию, то вынуждена была констатировать, что он перечислял крупные денежные суммы компаниям, находившимся под его <...> контролем. Он делал это без моего ведома. Кроме того, были оформлены кредиты и поручительства на ЗАО „Интеко“», — приводит слова Батуриной Forbes.

Попытки добиться объяснений от Виктора Батурина успехом не увенчались. Тогда Елена Николаевна сообщила ему, что расценивает его действия «как кражу», после чего он сам написал заявление об увольнении. Также, по словам вдовы Лужкова, у ее брата был очень скромны пакет акций. «Свой 1% он продал. Как от сестры он от меня получил в подарок часть бизнеса, который я ему добровольно передала. На этом все», — говорила Батурина в беседе с vedomosti.ru много лет назад. Так или иначе, в 2007 году родственники подписали мировое соглашение друг с другом, и на этом их семейные разборки должны были закончиться. Но нет. С тех пор произошло еще много чего интересного — Виктор Батурин успел отсидеть несколько лет в тюрьме по делу о мошенничестве с векселями компании «Интеко» и, оказавшись на свободе, начал искать правду в австрийских судах.

Он добивается защиты чести и достоинства, которые якобы пострадали из-за действий сестры. Кроме того, в 2019 году, практически сразу после смерти Юрия Лужкова, СМИ сообщили, что Елену Батурину объявили в федеральный розыск по делу о клевете, инициированном по заявлению финансового управляющего в деле о банкротстве Виктора Батурина Эренцена Манжеева. Правда, в итоге решение о розыске было отменено, а само дело прекращено. Естественно, на фоне этих событий ни о каком воссоединении семьи говорить не приходится. Брат с сестрой уже много лет не общаются.