В 19 лет после защиты диплома Пашу направили в аспирантуру на его факультете. Но ему не нравилась тема работы, не получалось найти общий язык с научным руководителем. Постепенно Паша забросил учёбу и через некоторое время перепоступил к профессору Павловскому, который занимался очень интересной для Паши темой — математическим прогнозированием будущего. Тогда же у Павла начались первые проблемы со здоровьем. Молодой человек стал страдать депрессиями и резкими перепадами настроения, а однажды порезал руки, чтобы привлечь внимание девушки, которая поссорилась с ним.

После этого случая Павлу пришлось пройти обследование в Центре психического здоровья РАМН, где в его медицинской карте в качестве диагноза написали «гений». Потом он вернулся в аспирантуру, занимался научной работой, программированием, переводил книги и публиковал статьи. — Наступившая разруха, развал работы в Октябрьском райсовете, нехватка еды и денег, неудачный руководитель в аспирантуре — этого достаточно, чтобы любого вогнать в депрессию. А тут ещё обидная, тяжёлая ссора и расставание навсегда с девушкой-одноклассницей, с которой они много лет были дружны. Было отчего психануть.

Ещё через какое-то время у Павла выявили запущенное эндокринологическое заболевание, предположительно – скрытый диабет. Эта болезнь без лечения сопровождается приступами, которые из-за внешнего сходства можно принять за психические срывы. — О скрытом диабете стали догадываться только в последние месяцы жизни. До этого приступы, какие бывают у диабетиков без необходимого лечения, расценивали как психические и давали сильные психотропные препараты, которые разрушали его здоровье. В связи с неочевидностью болезни Паша поздно начал лечение, однако ему всё же удалось попасть в стационар. Там в один из дней ему вкололи препарат, который сильно сгущал кровь. В итоге образовался тромб, он попал в лёгочную артерию, что и стало причиной смерти. Паша Коноплёв скончался 17 сентября 2000 года. Ему было всего 29 лет.