Однако в последнее время учёные всё больше склоняются к тому, что современные очертания Чёрного моря сформировались примерно 7500 лет назад. Это стало следствием прорыва морских вод из Средиземного моря. Затопились обширные участки, раньше бывшие сушей. Возможно, в результате этого погибла первая на Земле цивилизация, что нашло потом отражение в мифах о Всемирном потопе и об Атлантиде.

На протяжении последних сотен тысяч лет Чёрное море неоднократно было то озером, то связывалось проливом со Средиземным морем. Примерно 120-90 тысяч лет назад, в межледниковый период, уровень Мирового океана был выше современного, и через Босфор и Дарданеллы свободно циркулировала морская вода. По обнаруженным древним береговым террасам, уровень Чёрного моря был тогда выше, чем сейчас, на 10-25 метров. Крым в то время был островом, и на месте нынешнего Перекопского перешейка плескался морской пролив.

Затем начался новый, последний ледниковый период. Уровень Мирового океана повсеместно упал на 130-140 метров по отношению к современному. Между Средиземным и Чёрным морями возник широкий сухопутный перешеек. Впрочем, Чёрное море в ту эпоху в избытке наполнялось пресной водой. Сток Днепра и Дона, начинавшихся у края ледникового покрова, был велик. Также и Волга несла значительно больше воды, чем сейчас, а уровень Каспийского моря был выше современного на 77 метров. Излишек каспийской воды перетекал через Кумо-Манычскую впадину в Азовское и Чёрное моря. Чёрное же море, как считают, время от времени изливалось в Средиземное. Там, где сейчас проливы Босфор и Дарданеллы, тогда текли бурные полноводные реки.