На дне водоема множество небольших подводных хребтов, так как разъем не мог быть однородным. Есть и мелководье, и глубоководные участки. Например, в месте слияния озера с рекой Селенгой есть место, которое местные называют «пучиной». Глубина здесь достигает 400 метров. Существует даже легенда, согласно которой в центре «пучины» находится отверстие, благодаря которому Байкал сообщается с Северным морем.

Но данная гипотеза не подтверждена. Вот что точно есть у «пучины», так это огромный водоворот, отлично видимый в спокойные дни. Если смотреть на него долго, создается впечатление, что вода и вправду втягивается в отверстие.

На дне Байкала немало древних отложений, которые очень интересуют ученых, так как могут многое сказать о жизни озера. Поэтому здесь организовывали немало работ по глубоководному бурению. В Южной и Центральной котловинах озера толщина отложений достигает нескольких километров.