У Евгения Пригожина остались мать Виолетта, жена Любовь, сын Павел и две дочери — Полина и Вероника.

По данным портала «Компания», в 2020 году дочь бизнесмена Полина Пригожина стала совладелицей Музея шоколада вместе с матерью Любовью Пригожиной. В 2022 году АО «Легион», единственным акционером которого числится наследница предпринимателя, приобрело на торгах за 135 млн рублей дачу принца Ольденбургского на Каменном острове.

Младшая дочь Вероника, по информации Telegram-канала «Можем объяснить», является учредителем ООО «Ред Старс», которое владеет отелем Red Stars Hotel в центре Петербурга. Также сообщалось, что сын Евгения Пригожина Павел является владельцем крупного петербургского бизнес-центра Sinop на Синопской набережной.