После того, как секретарь Совета безопасности был сменен, общее количество сотрудников его аппарата осталось неизменным, утверждают источники, близкие к администрации президента. Сергей Шойгу, перешедший с поста министра обороны на должность главы Совбеза 12 мая, заменил Николая Патрушева.

Важной частью аппарата Совбеза является его руководство, включая должность первого заместителя секретаря, которую занимает Рашид Нургалиев. Он входит в расширенный состав Совбеза. Предполагается, что у Шойгу может быть только один первый заместитель, и Руслан Цаликов, бывший первый заместитель Шойгу из МЧС, Подмосковья и Минобороны, по информации "Ведомостей", перейдет в сенаторы.

Однако по-прежнему вакантна должность одного из заместителей секретаря Совбеза из семи. В конце мая Михаил Попов был уволен, но его место пока не занято. Также у Шойгу может быть три помощника, но на данный момент назначений не было. В структуре Совбеза указан только один помощник Шойгу - Дмитрий Грибков, который работал при Патрушеве. Другой помощник, Евгений Аношин, был освобожден от должности в июле.

Согласно источникам "Ведомостей", в Совбезе около двадцати подразделений, занимающихся различными задачами и направлениями работы, такими как вопросы СНГ, безопасность на Кавказе, информационная безопасность, противодействие терроризму и конфликтам, а также проблемы новых субъектов. Работа этих департаментов тесно связана с основными задачами, описанными в положении о Совете безопасности.

Отдельное подразделение представляет секретариат заместителя председателя Совбеза - Дмитрия Медведева. Это одно из крупнейших подразделений Совбеза, включающее примерно полтора десятка человек. Департамент, обеспечивающий работу Шойгу, имеет меньший штат сотрудников. Комплектация структуры Совбеза все еще не завершена.