Бойченко ушел из спорта непобежденным. Едва ли не единственным его достойным соперником в СССР был Леонид Мешков, но превзойти титулованного спортсмена он так и не сумел. Не успел Семен только съездить на Олимпиаду: СССР до 1952 года в Играх не участвовал. А когда советская делегация впервые отправилась на Олимпийские игры, он уже работал на пилораме в Соликамске. Отбывал срок, осужденный по обвинению в антисоветской пропаганде.

За ним пришли в 1948-м. Узнали, что во Франции Бойченко общался с белоэмигрантами — в частности, с родственниками бывшего владельца московских булочных Филиппова. Донесли также, что Семен нелицеприятно отзывался о сыне вождя Василии (по другой версии, Бойченко не скрывал симпатии к пловчихе Капитолине Васильевой, которая была женой Сталина-младшего). Этого было достаточно, чтобы ответить по всей строгости закона, и былые заслуги и выражение симпатии Сталина не помогли. Бойченко не подписывал чистосердечное признание полгода, но после того, как пригрозили отправить по этапу всю его семью, согласился.

Бывшему пловцу дали десять лет, но в 1954-м амнистировали. Бойченко вернулся домой изможденным, потеряв 40 килограммов веса. Два года провел он в родном селе, восстанавливался, плавал в Ингуле. В 1956-м его полностью реабилитировали, и он отправился в Москву — тренировал сборную СССР, а в 1960-м повез ее на Олимпиаду в Рим. Медалей завоевать, правда, не удалось. «Он радовался жизни, радовался, что у него есть работа, радовался, что может передавать свои опыт и знания», — вспоминала дочь Семена Бойченко. До последнего он занимался плаванием: говорили, что уже в преклонном возрасте 50 метров он проплывал за 32 секунды.