Если внимательно проанализировать события тех дней, то становится совершенно очевидно, что покушение было организовано кем-то из ближнего окружения Ленина, кому он сильно мешал. Вторым человеком в государстве в то время был Я.М. Свердлов, который стремился ко все большей власти активно оттесняя от нее В.И. Ленина. При этом Я.М. Свердлов – создатель ВЧК, имеющий все необходимые связи для организации тайного покушения, а многие эсеры, находившиеся на месте преступления, тайно сотрудничали с ВЧК. Именно Свердлов больше других интересуется ходом дела и одновременно мешает его расследованию.

Убийство Фани Каплан было выгодно только ему. Со смертью женщины она по факту была признана виновной, а следствие прекращено. В то же время, если следствие признало Каплан невиновной, могли начаться поиски новых подозреваемых. В этом случае следователи могли выйти на след тех людей, которые могли указать истинных заказчиков покушения. Этого Я.М. Свердлову было совсем не нужно.

На, то, что заказчиком покушения мог быть Я.М. Свердлов, указывает и ряд иностранных источников, однако кроме косвенных, хотя и весомых улик других доказательств не приводится. Это не удивительно большевики подпольщики умели прятать улики. Особенно примечательна фраза сказанная Я.М. Свердловым после покушения на Ленина управляющему делами правительства В. Бонч-Бруевичу: «Вот, Владимир Дмитриевич, и без Владимира Ильича все-таки справляемся»…