Первой загадкой истории Крыма является само образование полуострова. В 1996 году американскими геологами Уильямом Райаном и Уолтером Питменом из Колумбийского университета была сформулирована теория так называемого «черноморского потопа». По ней вплоть до шестого тысячелетия до нашей эры Крым не был полуостровом, а был фрагментом более обширного массива суши, который включал в себя территорию современного Азовского моря. Около 5500 года до нашей эры в результате землетрясения и сдвига литосферных плит произошел прорыв вод из Средиземного моря, образовался Босфорский пролив, уровень Черного моря поднялся на 140 м, его объем увеличился в 1,5 раза.

Есть версия, что именно это событие послужило основой для бытующего во многих культурах мифа о всемирном потопе. Некоторые историки также связывают платоновский рассказ об Атлантиде с разливом Черного моря. Теория Райана-Питмена подвергалась критике, но в настоящий момент она не опровергнута. Исследовав в 2000 году берега Черного моря, проведя радиоуглеродный анализ моллюсков и изменения осадочных пород в водоеме, знаменитый маринолог Баллард пришел к выводу, что еще 7500 тысяч лет назад Черное море было абсолютно пресным, что косвенно подтверждает теорию о расширении Черного моря как о Всемирном потопе.

Мегалиты Крыма. Самые загадочные древние сооружения Крыма - мегалиты. На полуострове они представлены менгирами - вертикальными каменными столбами, дольменами - каменными склепами из пяти плит и кромлехами - кругами из камней, имеющими, скорее всего, связь с солряными культами древних народов, населявших полуостров. Самым известным менгиром Крыма является бахчисарайский менгир. Интерес к нему вырос после того, как в конце прошлого века инженер Крымской астрофизической обсерватории Александр Лагутин предположил, что бахчисарайский менгир был построен как астрономическая обсерватория. Лагутин несколько лет проводил наблюдения, определяя взимосвязь менгира с солнечными циклами и пришел к выводу, что ориентация менгира проводилась на основе весеннего равноденствия.