Одной из главных тайн захоронения известного поэта многие считают собственно сам процесс погребения Пушкина. Ссылаясь на свидетельства очевидцев этого странного действа, некоторые исследователи склоняются к тому, что в гробу вместо тела Александра Сергеевича упокоилось тело совсем другого человека. Дело в том, что поначалу отпевание Пушкина планировалось в Исаакиевском соборе. Однако ночью 31 января усопшего «по указанию высшего руководства» переместили в Конюшенную церковь. Жуковский писал об этом инциденте так: «…тело перенесли с какой-то тайною, всех поразившей, без факелов и без проводников». После отпевания загадки не закончились. Согласно желанию самого Пушкина, его решено было похоронить в Святогорском монастыре, расположенном на Псковской земле. Прежде чем тело поэта прибыло на место его упокоения, псковский губернатор Пещуров получил письмо от чиновника Мордвинова. Тот от имени императора требовал, чтобы «не было никакой встречи» и «никаких церемоний». Тело поэта перевозили опять-таки под покровом ночи.

Примечательно, что всеми этапами похорон занимался непосредственно царь, а также граф Бенкендорф, еще при жизни которого ходили слухи о его участии в организации убийства Пушкина. А если это так, то графу необходимо было избавиться от главной улики – тела Александра Сергеевича или же подменить его на другое. Отсюда перемена церквей, ночь, секретность и другие подозрительные действия и обстоятельства. Между тем покойник в могиле все-таки есть. И в этом смогли убедиться ученые, которые занимались реставрацией надгробного памятника Пушкина в 1953 году. Все они подписали документ о неразглашении информации. Директор пушкинского заповедника Семен Гейченко, руководивший работами, писал о том, что когда рабочие разобрали наземную часть захоронения, они отпрянули от удивления: склеп Александра Сергеевича оказался двухэтажным. В верхней квадратной камере могилы, по словам Гейченко, были найдены два человеческих черепа и кости. Эксперты установили, что останки принадлежали пожилым мужчине и женщине, но ничего более специалисты сказать не могли.

В частности, многие не могли предположить, как чужие кости вообще могли очутиться в могиле Пушкина да и еще и в будто специально отведенном для них помещении. Однако некоторые пушкиноведы до сих пор уверены в том, что великий поэт принадлежал к масонской ложе. А черепа и другие останки в захоронении Пушкина очень напоминают масонский обряд под названием «Мертвая голова». На тот факт, что Пушкин являлся масоном, указывают и действия его товарищей после похорон: они оставили в гробу поэта белые перчатки. Это традиционный для масонов ритуал, означающий, что «братьев» не сможет разлучить даже смерть. Но самое интересное, что реставрация места погребения Александра Сергеевича была произведена и в 1902 году. И тогда ни о каких камерах с черепами никто из участников работ даже не заикнулся. Даже архитектор Назимов, который руководил всеми действиями, ни словом ни о чем таком не обмолвился. Таким образом выходит, что соорудить «второй ярус» и заложить туда останки неизвестных людей могли только те, кто занимался восстановлением надгробного памятника Пушкина в том самом 1902 году. Известный исследователь Владимир Новиков считает, что это вполне возможно, так как именно в то время масонские ложи особенно активизировались в России. Как и прежде, костяком масонов были образованные личности, так называемые люди искусства: литераторы, художники, архитекторы. Так что устроить ритуальное захоронение мог как сам Назимов, руководивший работами, так и его подчиненные. Кроме того, по свидетельствам очевидцев, реставрационные работы особенно никем не контролировались, поэтому заподозрить в данной провокации можно любого участника реставрационного процесса.