Очень многие государственные и церковные деятели были недовольны тем, что какой-то «грязный мужик» ходит по императорскому дворцу, смеет давать советы, своим поведением дискредитирует веру и православную церковь.

В 1907 году началось следствие по «делу о хлыстовстве» Григория. Оно широко обсуждалось в прессе, смаковавшей подробности того, как «старец» ходил в баню со своими многочисленными поклонницами. Хотя следствие не нашло никаких явных фактов сектантства, немедленно распространился слух, что дело закрыли по приказу свыше.

В 1912 году по требованию депутатов Государственной думы дело вновь вернули на расследование, но проводившая его Тобольская духовная консистория полностью оправдала Распутина.