Во-первых, они имеют разное происхождение. А во-вторых, «супруга» до сих пор считается более формальным и книжным словом. Именно поэтому во времена Пушкина и позже использование слова «супруга» вызывало насмешки.

Долгое время слово «супруга» считалось слишком холодным и официальным. В книге «В защиту живого слова» В. Я. Коровиной (Просвещение, 1966) приводятся несколько примеров из произведений классиков, которые открыто насмехались над использованием слова «супруга». Например, Александр Пушкин в поэме «Граф Нулин» писал: «А что же делает супруга, / Одна в отсутствии супруга?». По мнению Коровиной, здесь явно присутствует шутливая интонация. Ирония также ощущается в «Мертвых душах» Николая Гоголя: «Что ж, душенька, пойдем обедать…»- сказала Собакевичу его супруга…»

Владимир Даль, автор «Толкового словаря живого великорусского языка», задавался вопросом, почему слова «супруг» и «супруга» считаются более вежливыми, чем «муж» и «жена». Однако авторы сборника «В защиту живого слова» были обеспокоены тем, что в разговорном языке слово «супруга» все чаще заменяет слово «жена». В своей книге «Проблемы семантического анализа лексики» Д. Н. Шмелев называл слово «жена» нейтральным, а слово «супруга» книжным. В настоящее время ситуация не изменилась: «супруга» считается официальным термином для женщины, вступившей в брак, но в повседневной жизни мы обычно используем слово «жена».