Вокруг гибели командующего фронтом существует множество домыслов и гипотез, некоторым из них позавидовали бы голливудские сценаристы. Например, «заговор» возглавлял член Военного совета фронта Никита Хрущев, организовал командир 13-й армии генерал Пухов, бывший царский прапорщик, связанный с украинскими националистами. Если отбросить советскую и антихрущевскую шелуху, то выходит, что 29 февраля 1944 года Ватутин с небольшой охраной прибыл в 13-ю армию. После освобождения Хмельницкая область кишела недобитыми бойцами УПА, которых абвер пытался объединить в организованные группы. Эскорт выехал затемно и был идеальной мишенью. Как потом выяснилось, случайный отряд в деревне Милятино насчитывал 12 человек, которые увидели автомобили и открыли огонь. Вместо того чтобы развернуться, охрана завязала бой, а горячий генерал с пистолетом выскочил из «виллиса» и был ранен в верхнюю часть бедра. Опыта боев, будучи кадровым штабистом, он не имел.

Главная задача охраны высокопоставленного лица - не в защите его огнем, а в том, чтобы избежать стрельбы, но именно это не было сделано. В общем, нет никаких оснований говорить о засаде - налицо обычная некомпетентность. Бой был скоротечным и неорганизованным. Офицеры охраны, среди которых не было даже раненых, само собой, хотели отвести от себя обвинения в гибели генерала, поэтому увеличили численность нападавших до нескольких десятков и настойчиво говорили о засаде. Однако отряды НКВД нарыть ничего не смогли, отсюда и «гипотезы». В советской истории - множество важных персон, «залеченных и зарезанных» на операционном столе. Преемник Главвоенмора Троцкого Михаил Фрунзе был отправлен Сталиным на оперативное лечение язвы и не проснулся после операции, после чего этот пост занял верный соратник вождя Климент Ворошилов. В санатории залечили члена Политбюро Андрея Жданова, что позволило организовать борьбу с «врачами-космополитами». В этом же ряду стоит и генерал армии Ватутин.

Через пять часов после ранения его доставили в госпиталь 13-й армии, где оказали первую помощь, а затем самолетом отправили в киевский военный госпиталь и поместили в специально оборудованное здание со штатом врачей. Ранение признали сложным, обработали и наложили жесткую повязку. Для лечения собрали лучших фронтовых хирургов и терапевтов, а из Москвы прилетели армейские медицинские светила В. Шамов, М. Вовси и др. 7 марта сняли гипс, приносивший больному страшную боль, вычистили рану, в которой не только происходило гниение тканей, но и появились черви. Врачи подозревали общую интоксикацию организма, что позднее и подтвердилось. Состояние больного стало улучшаться, кардинальные действия откладывались и с ампутацией медлили. Лекарства, включая пенициллин, доставляли из Москвы самолетом. На 23-й день лечения произошла вспышка тяжелого отравления организма, прилетевший академик Н. Бурденко положил конец дискуссиям и провел ампутацию. Но было поздно, и 15 апреля Николай Федорович скончался. Считается, что неправильное лечение в первые дни болезни привело к сепсису и летальному исходу. Многочисленность лечащих врачей не спасла командующего… Косвенным подтверждением изложенной версии является присвоение Ватутину звания Героя Советского Союза только в 1965 году. Хотя он был одним из самых выдающихся советских полководцев, вспомнили о нем только к 20-летию Победы, когда искать правых и виноватых было уже поздно.